PORTRAIT | par Maryvonne Haslé de La Gazette du Laboratoire | Octobre 2022

Créée en 2003, cette unité mixte (INRAE, l'Université Lyon 1 et l'EPHE), s’intéresse aux relations hôtes-virus chez les mammifères et les insectes, afin de mieux comprendre les différentes pathologies qui en découlent.

Aujourd’hui, l’unité IVPC s’intéresse aux infections induites par les Rétrovirus et par les Arbovirus (virus transmis par des vecteurs arthropodes), afin de mieux comprendre les relations hôte-virus et vecteur, pour mieux prévoir et contrôler les zoonoses transmises par des insectes (arbovirus) et les maladies infectieuses animales non résolues sur le terrain (rétrovirus), avec un parallèle sur certaines maladies rares pulmonaires.

A l’heure où le COVID-19 occupe la scène internationale et impacte profondément notre quotidien, se pose déjà la question de la prochaine émergence. La pandémie actuelle illustre clairement les liens entre santé des animaux, santé humaine et santé de l'environnement et souligne la nécessité d’avoir une approche intégrative et multidisciplinaires (le concept One Heath, une seule santé) pour répondre aux défis sanitaires de demain. Les recherches de l’IVPC s'inscrivent donc naturellement dans l'approche " One Health " qui considère la santé humaine et animale comme interdépendante et liée aux écosystèmes dans lesquels elles coexistent. 

L’unité IVPC développe ses activités dans ses 3 équipes :

L’équipe BUNYA (« Biologie des Bunyavirales ») travaille principalement sur deux arbovirus : le virus de la fièvre de la vallée du Rift (RVFV) ; un virus zoonotique à fièvre hémorragique provoquant une maladie sévère, parfois mortelle, chez les ruminants mais aussi chez l’homme et principalement localisée en Afrique subsaharienne et dans la péninsule arabique. En parallèle, l’équipe étudie le virus Toscana, arbovirus transmis par des arthropodes hématophages nommés phlébotomes. Ce virus circule dans les pays du bassin méditerranéen et peut provoquer chez l’homme un syndrome grippal qui peut se compliquer d’une atteinte du système nerveux central (méningite ou encéphalite). L’équipe étudie la diversité génomique des souches circulantes de ces deux virus, leurs caractères de virulence chez les mammifères (bovins, ovins, homme), ainsi que leur transmission par les vecteurs (moustiques Aedes, Culex ou phlébotomes).

L’équipe iWAYS (« Biologie cellulaire des interactions précoces entre les arbovirus et la cellule hôte ») s’intéresse à plusieurs arbovirus (La fièvre de la vallée du Rift (RVFV), virus Toscana, virus Uukuniemi, …) afin de mieux comprendre les mécanismes d’entrée de ces virus, dans le but de pouvoir interférer et bloquer la transmission des virus chez l’hôte mammifère. Par ailleurs, l’équipe s’intéresse à la capacité d’une protéine du RVFV, la protéine NSs, à former des agrégats de fibrilles de type amyloïdes qui s’accumulent dans le cerveau et qui entrainent des neuropathies. En parallèle, l’équipe contribue à la lutte contre le Sars-Cov2 en étudiant les voies d’entrée spécifiques des variants du Sars-Cov-2 et leur impact sur la réponse immune. Le développement de modèle 3d pulmonaires (organoïdes, culture air-liquide interface) permettent de mimer le poumon, reproduire l’infection et tester de nouvelles approches thérapeutiques.

L’équipe PR2T (« Physiopathologie, Rétrovirus, Tumeurs rares ») travaille sur des β-rétrovirus oncogènes qui induisent des cancers du poumon (JSRV) ou de la muqueuse nasale (ENTV) chez les petits ruminants. Ces cancers apparaissent souvent de manière sporadique dans les troupeaux, mais ils peuvent aussi se manifester sous forme d'épizooties graves, entraînant des pertes majeures dans certains élevages. En lien avec des acteurs de terrains (filières d’éleveurs, vétérinaires), l’équipe étudie la diversité des souches circulantes afin de déterminer leur pouvoir pathogène et comprendre les mécanismes d’induction des tumeurs. En complément, l’équipe développe des outils de diagnostic utilisables sur le terrain. Parallèlement, avec les cliniciens du service de pneumologie du pôle Est des Hospices Civils de Lyon, l’équipe développe des projets de recherche ciblés sur des tumeurs thoraciques rares chez l’homme.

L’unité IVPC a l’expertise dans la manipulation de pathogènes de niveau 3, figurant dans la liste MOT (Micro-organismes et toxines hautement pathogènes) et de niveau 2. Elle développe des modèles d’études in vitro (organoïdes, cultures 3d) et in insecto (moustiques, drosophile). Elle s’appuie sur les plateformes de la SFR Biosciences (microscopie, cytométrie, BSL3/I3), et de la FR BioEEnvis (Symbiotron (BSL2, I2 et I3), PRABI bio-informatique et DTAMB biologie moléculaire).

Photo de groupe des membres de l’IVPC

L’unité "Infections Virales et Pathologie Comparée" est impliquée dans des projets européens tels que :

ISIDORE (A new approach to pandemic preparedness research in Europe – sur 3 ans, lancé en février 2022), grand consortium européen de laboratoires, universités et instituts donnant accès à leurs plateformes et outils pour étudier les virus et pathologies émergentes. L’IVPC développe des modèles 3D (organoïdes) et forme des chercheurs à l’infectiologie expérimentale avec des moustiques en laboratoire de sécurité BSL3.

BCOMING (Biodiversity Conservation to Mitigate the Risks of Emerging Infectious Diseases – sur 4 ans), Consortium européen dans un projet de recherche axé sur 3 régions hotspots de biodiversité (Afrique, Asie et DOM-TOM) et ayant pour but de réduire le risque d'émergence en promouvant des stratégies innovantes de conservation de la biodiversité et de surveillance des maladies zoonotiques.

Par ailleurs, l’IVPC a créé un laboratoire international associé, en collaboration avec l’INRAE et l’Institut Pasteur de Shangaï (Chine) pour la recherche sur les virus émergents, dans l’optique d’une santé « One Health ». D’autres collaborations existent avec notamment l’Institut Pasteur, le CIRAD, l’ANSES, l’EID, l’ARS, Santé Publique France, l’Observatoire des maladies caprines, l’association nationale Interprofessionnelle Caprine, et à l’étranger avec l’université d’Heidelberg (Allemagne), le Centre de Recherche en Virologie de Glasgow (CVR, Ecosse), l’Université Charles (République Tchèque) …

L’unité comprend 22 permanents dont 12 enseignants-chercheurs, deux médecins, 1 vétérinaire, 10 techniciens ingénieurs ainsi que des doctorants et Masters ou DUT.

Située sur le campus de Gerland, riche en partenaires académiques et privés dans le domaine de la santé humaine, animale et l’infectiologie, l’UMR IVPC est l’une des unités contributrices de l'UMS3444/US8 / US8 SFR Biosciences, qui regroupe un ensemble de plateaux techniques (laboratoires et animaleries confinés, imagerie, cytométrie, etc…) au service de la communauté scientifique. L’unité occupe un étage du bâtiment de recherche de l’Université Lyon1 et dispose d’environ 560 m², non loin du Laboratoire P4. Actuellement un bâtiment supplémentaire est en construction (livraison prévue fin 2022), avec un étage confiné contenant de nouveaux laboratoires de biosécurité de niveau 3 (L3 et I3) ainsi qu’une animalerie (modèles murins, axénique, gnobiotique). Il est prévu un secteur d’imagerie non invasive pour les modèles murins et des microscopes confocaux.

L’IVPC est partenaire du projet InfectioTron (Equipex +), coordonné par l’Université Claude Bernard Lyon 1 avec 7 autres partenaires, qui viendra compléter les équipements des plateformes de la SFR-Biosciences, FR BioEEnvis et du campus VetAgrosup de Marcy L’Etoile, pour renforcer des collaborations en santé globale intégrée et multidisciplinaire des maladies infectieuses émergentes. Fabienne Archer, directrice du laboratoire IVPC est l’un des porteurs du projet.

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Pour en savoir plus :  https://www6.lyon-grenoble.inrae.fr/ivpc/